Rates file : INDELible V1.00 N.B. Site classes are numbered from lowest to highest values of omega. The omegas are not given explicitly as they are permitted to change on different branches whereas the site classes are not allowed to change. Site Class Insert? Partition 1 3 1 2 0 Y 1 3 3 Y 1 4 2 Y 1 5 0 Y 1 6 0 1 7 1 Y 1 8 3 Y 1 9 1 Y 1 10 2 Y 1 11 3 Y 1 12 1 Y 1 13 1 Y 1 14 3 Y 1 15 0 Y 1 16 2 Y 1 17 0 1 18 3 Y 1 19 3 Y 1 20 3 Y 1 21 3 1 22 3 Y 1 23 2 1 24 2 Y 1 25 2 1 26 3 Y 1 27 0 Y 1 28 0 1 29 0 1 30 0 1 31 0 Y 1 32 0 Y 1 33 3 Y 1 34 3 1 35 3 Y 1 36 3 1 37 1 Y 1 38 3 Y 1 39 3 Y 1 40 2 1 41 2 Y 1 42 0 Y 1 43 3 Y 1 44 2 Y 1 45 2 1 46 2 Y 1 47 1 Y 1 48 1 1 49 0 Y 1 50 0 1 51 0 1 52 1 Y 1 53 0 Y 1 54 1 Y 1 55 3 Y 1 56 1 Y 1 57 0 Y 1 58 3 Y 1 59 2 Y 1 60 1 Y 1 61 2 Y 1 62 3 Y 1 63 2 Y 1 64 2 Y 1 65 3 Y 1 66 0 Y 1 67 2 Y 1 68 1 Y 1 69 0 Y 1 70 3 Y 1 71 1 Y 1 72 0 Y 1 73 3 Y 1 74 3 Y 1 75 3 Y 1 76 2 Y 1 77 0 Y 1 78 2 Y 1 79 3 1 80 2 1 81 3 1 82 2 Y 1 83 0 Y 1 84 1 Y 1 85 2 Y 1 86 0 Y 1 87 1 Y 1 88 2 Y 1 89 2 Y 1 90 2 Y 1 91 1 1 92 1 1 93 3 Y 1 94 2 1 95 3 1 96 1 Y 1 97 2 1 98 0 Y 1 99 3 1 100 3 Y 1 101 0 Y 1 102 3 Y 1 103 0 Y 1 104 2 1 105 0 Y 1 106 2 1 107 3 Y 1 108 0 Y 1 109 3 1 110 2 Y 1 111 2 Y 1 112 2 Y 1 113 2 Y 1 114 3 Y 1 115 3 Y 1 116 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